告别了基拉祁，小智一行人继续上路了，而今天上午吃饭的时候，一只大嘴鸥飞了过来，留下了一封信，信里说非常的欣赏小智，认为小智是一位优秀的训练家，所以邀请他来挑战刚研究出来的对战系统，落款人是一位叫做荣格的博士，而小智看到随附的地图后，发现荣格博士的研究所就在不远处，所以欣然接受了邀请，接着两人就向着研究所走去。
“啊，那个就是研究所啊，还是第一次看到城堡式的研究所呢！”这时一座建立在河畔的宏伟城堡出现在了两人的眼前，瑟蕾娜非常地惊叹。
“这些是什么，难道是照明系统吗？”城堡的门敞开着，小智一行走进后，就发现大理石铺就的地面上有很多吐出的半圆部分，瑟蕾娜不明所以的猜测说，
“可能吧。”小智听到后，观察了一下，得出了结论。
“咦？大木博士？”就在这时，瑟蕾娜发现了前方的大木以及他的一个助手，两人不知道在说些什么。
“哟！是小智啊！看来，小智到这里来，应该也是受到了荣格博士的邀请了。”大木博士的助手看了过来，原来是小茂，小茂拿出一封信，笑着对小智说道。
“嘿！小茂！”小智打了招呼，也把那封信拿了出来。
“我听说荣格七年的研究终于出成果了，所以就陪着小茂一起来了，没想到会碰到你们。”随后大木博士瑟蕾娜打招呼。
“各位，我一直在等你们呢！”就在这时，从屋里走出一位蓝色短发，身穿白大褂的人，“欢迎来到我的研究所。”
“哦，荣格，好久不见了！”大木博士看到来人高兴的说，原来眼前的这位就是研究出新的对战系统的荣格博士了。
“呐呐呐，荣格博士，那个新的对战系统在什么地方？”小智这时已经迫不及待地想要见一见新的对战系统了。
“各位正身处其中呢！”荣格博士说了一句让大家摸不着头脑的话，“接下来，我就展示给大家看。”随后博士拿出一个操纵装置，按了几个按钮后，庭院地上的半圆凸起突然发出亮光，并且之间有光线把他们连接到了一起，形成了一个一个的六边形，如同蜂巢一般。
“难道这就是幻影领域？”大木博士对这个东西还是知道一点的。
“是的，他们可以在里面自由的行动！”荣格博士一边说着一边接着操纵着按钮，几道光线对撞到一起，在大家眼前出现了三只神奇宝贝。
“是镰刀盔、多刺菊石兽和太古盔甲！”看着眼前的三只神奇宝贝，瑟蕾娜非常的惊讶。
“幻影神奇宝贝，也就是说，你的幻影系统已经完成了？”大木博士不可相信的说。
“是的，以神奇宝贝的数据为基础，声音、智慧还有躯体，能组成神奇宝贝完整个体的系统，由此诞生的它，理所当然的称为幻影神奇宝贝。”
“和真的神奇宝贝一样！”瑟蕾娜忍不住的走上前去，摸了摸多刺菊石兽，那冰冷的触觉，仿佛真正摸到了硬壳一般。
“那是当然的，不仅可以参与对战，灭绝的神奇宝贝，稀有的，甚至神秘的神奇宝贝，所有的神奇宝贝都能见到，换言之，这将促进神奇宝贝研究的飞跃发展，那么接下来。”荣格博士说完后，三只化石神奇宝贝就消失了，代替的则是一只波士可多拉，“小智、小茂，有兴趣挑战我的幻影神奇宝贝吗？”
“虽然我现在从事研究了，但是和别的地区的神奇宝贝对战，我也是乐意至极。”小茂对此非常的感兴趣，他还从来没有和丰缘地区的神奇宝贝交过手呢。
大家跟着荣格博士一起来到了一处对战场地，大木博士走到了裁判的位置上，“马上将举行荣格博士与小茂的神奇宝贝对战，使用的神奇宝贝为一只，当有一方的神奇宝贝失去战斗能力的时候，比赛即为结束！”
“好，去吧，巨沼怪！”小茂看到对方已经准备就绪，接着派出了自己的神奇宝贝。
“这是小茂路上偶然遇到的，这也是一种运气呐哈哈。”大木博士看见小智和瑟蕾娜疑惑的目光，解释说。
“就由你先攻吧！”荣格博士把先攻权让给了小茂。
“那我就不客气了！巨沼怪，水炮！”小茂也没有推脱，直接让巨沼怪使用了水炮，一道粗壮的水柱应声而出，直接命中了对面的波士可多拉，激起一阵烟尘。
“命中了，而且是效果拔群！”瑟蕾娜在一旁说道。
“吼！”不过结果却出乎大家预料，烟雾散去，波士可多拉大吼了一声，完全看不出伤势。
“这怎么可能？”大家看到后都非常的不敢相信。
“波士可多拉，使用沙尘暴！”
“据我所知，芳缘地区的巨沼怪是水和地面的，所以，沙尘暴的持续伤害是无效的！那么！巨沼怪！使用地震！”面对波士可多拉的沙尘暴，小茂丝毫不慌。
“波士可多拉，使用种子机关枪！”就在一切按部就班，小茂看起来稳占上风的时候，荣格博士突然让波士可多拉使用了种子机关枪，黄绿色的种子朝着巨沼怪喷射而去。
“什么？”小茂看到种子机关枪大吃一惊，“使用冲浪！”不过随后就反应了过来，让巨沼怪使用了冲浪，挡住了种子。
“这怎么可能，波士可多拉是不可能使用种子机关枪的！”大木博士这时立刻问道，这已经打乱了他的认知。
“因为它是一只幻影神奇宝贝，可以通过操控输入的数据，来自由改变属性和绝招。”荣格博士解释说。
“如果是这样的话，那么就没有比下去的必要了，神奇宝贝是有生命的，每一种神奇宝贝都有自己独自的特点，正是他们各自的属性和特有的绝招，才使得神奇宝贝多彩多姿，你的系统如果是这样的话，那就根本没有研究下去的必要了，它对神奇宝贝的研究没有任何的作用，它只是一堆堆砌的数据罢了。”小智在听到荣格博士的解释后，就把小茂拉了回来，阻止了小茂继续战斗，因为他认为这是没必要的，“荣格博士，如果没什么必要的事情了话，我们就先走了。”小智随后说道，接着就想拉着大木还有小茂向门外走去。
“哈哈哈哈哈……”
“什么人！”小智还没拉住，突然传来一阵很浑厚的怪笑声，大木博士听到后立刻看向声音传来的地方。
“居然说幻影神奇宝贝只是一堆数据！”大家一起看向声音发出的地方，就看到在研究所的阳台上有一个身披披风，脸带面具的人，“那我就让你看看幻影神奇宝贝的厉害！”随后那个人也拿出了一个和荣格博士一模一样的控制仪器，按下几个按按钮后，突然院子里出现了好多的神奇宝贝，镰刀盔、多刺菊石兽、化石翼龙、太古盔甲，各种化石神奇宝贝，还有怪力、圈圈熊等看起来力量巨大的神奇宝贝。
“荣格博士，这是怎么回事？”看到凭空出现的神奇宝贝群，大木博士质问荣格博士。
“我也不知道是怎么回事啊！”荣格博士操纵着手里的控制仪器，不过突然就自己爆裂了开来。
“这个幻影领域已经归我所有了，我是幻影的主谋者！”那个神秘人则是说道，自称为幻影的主谋者。
“现在怎么办？”瑟蕾娜看着眼前这么多凶神恶煞的神奇宝贝，有点六神无主。
“看来没办法了，小智！”，小茂则是再次拿出了一个神奇宝贝球，随后对小智喊了一声。
“嗯，好久没有一起战斗过了！”小智也一边说着，一边拿出了一颗神奇宝贝球，“喷火龙，决定是你了！”小智派出了熟识的喷火龙。
“好久不见，喷火龙！去吧！水箭龟！”小茂也随后把神奇宝贝派了出来。
“是水箭龟！”看到小茂的神奇宝贝，瑟蕾娜也是一阵赞叹。
“喷火龙、水箭龟，mega进化！”小智和小茂笑着对视了一眼，小智右手按住左手腕带上的键石，小茂则是右手食指和中指按住胸前悬挂的吊坠上的键石，两股能量分别和喷火龙和水箭龟身上的mega石相呼应，能量撕裂开来后，出现在大家眼前的是超进化后的火龙系喷火龙以及水钢系水箭龟。
“瑟蕾娜，你去把这里的情况告诉君莎小姐！”小智对瑟蕾娜说道。
“好！我知道了！”
“啊——”。